Con la llegada de los españoles se dio el proceso de conquista y colonización, que se incrementó con el deseo de llegar a la zona minera. Esto provocó una serie de guerras, con los indómitos chichimecas, entre los que sobresalían los guamares. Los españoles para lograr la pacificación de la región enviaron indígenas otomíes como Nicolás de San Luis Montañez y  Pedro Martín del Toro quienes pusieron orden en el valle de Chamacuero y en la región de Chichimequillas, Querétaro, como lo certifican los códices Chiapa de Mota (AGN) y Chamacuero (Colegio de Michoacán).  En esa época había tres estancia: San Agustín, San Francisco y San Lucas (Los Remedios).

 

La evangelización jugó un papel clave en la aculturación de Chamacuero, teniendo una importante participación los franciscanos,  de hecho la Relación de 1580, muestra a los franciscanos fray Francisco Doncel y fray Pedro de Burgos, martirizados en el Puente de El Fraile, lugar llamado Puerto de Chamacuero. La Virgen de los Remedios jugó un papel clave para lograr la conversión de los indígenas y puede verse la historia de su culto en el retablo dorado del santuario. El arte sacro que se observa en las iglesias y capillas en especial en pinturas, esculturas y retablos son testimonio de la riqueza material y espiritual de la región. También hubo participación de los frailes agustinos, por ejemplo en la comunidad de San Agustín.

 

El Camino Real de Tierra Adentro o Ruta de la Plata, que servía para conectar a la ciudad de México con las  zonas mineras,  y agrícolas pasaba por Chamacuero, donde llegaron a existir unas 30 haciendas. De hecho este camino siguió teniendo importancia en el siglo XIX y en un paraje cercano a Soria fue asesinado Ignacio Comonfort, razón por la cual se le cambió el nombre al municipio.